Đầu sự nghiệp

Nakata bắt đầu thi đấu chuyên nghiệp năm 1995 lúc 18 tuổi, với Bellmare Hiratsuka (giờ là Shonan Bellmare). Anh thi đấu trong vai trò tiền vệ tấn công trong mùa giải đầu tiên và giúp đội vô địch Cúp C2 châu Á 1995. Trong trận chung kết gặp Al-Talaba, anh ghi bàn thắng quyết định ở phút 81.[3] Anh trở thành cầu thủ trụ cột từ năm 1996, anh lọt vào Đội hình tiêu biểu J.League năm 1997. Sau World Cup 1998 ở Pháp, Nakata ký hợp đồng với câu lạc bộ Perugia của Serie A với giá 4 triệu US$,[4] trở thành người Nhật thứ hai thi đấu ở giải đấu hàng đầu Italia sau Miura Kazuyoshi tại Genoa bốn năm trước đó. Trong mùa giải đầu ở Ý, Nakata ghi 10 bàn, con số cao nhất trong một mùa giải của cá nhân anh.

Roma

Vào tháng 1 năm 2000, sau một mùa rưỡi ở Perugia, Nakata chuyển sang A.S. Roma với giá 42 tỉ ITL (21,691 triệu euro)[5] giúp đội bóng vô địch scudetto. Một trong những pha bóng nổi bật trong thời gian Nakata thi đấu tại Roma diễn ra vào ngày 6 tháng 5 năm 2001 trong trận đấu với Juventus tại Stadio delle Alpi. Sau khi vào sân thay Francesco Totti ở hiệp hai và Roma đang bị dẫn 0–2, Nakata có cú sút từ khoảng cách gần 30 mét tung lưới Edwin van der Sar, và trận đấu chỉ còn 11 phút là mãn cuộc. Anh sau đó tiếp tục góp công vào bàn gỡ hòa cho Roma khi cú sút từ ngoài vòng cấm của anh, dù bị Van der Sar cản phá, tìm tới Vincenzo Montella, người ghi bàn gỡ hòa cho Roma ở phút cuối. Trận đấu khép lại với kết quả 2–2 và Roma bảo toàn cách biệt sáu điểm để giữ chắc ngôi đầu bảng.[6]

Parma

Vào mùa hè năm 2001, Nakata ký một hợp đồng bốn năm với Parma[7] với giá 55 tỉ lira (28,4 triệu euro)[8][9] mức giá kỷ lục cho một cầu thủ châu Á thời điểm đó.[10] Anh ra mắt màu áo mới vào ngày 8 tháng 8 năm 2001 trong trận thua 0–2 tại sân Stadio Ennio Tardini trước Lille tại lượt đi vòng loại thứ ba UEFA Champions League.[11] Ngày 23 tháng 9, Nakata có bàn thắng đầu tiên cho Parma tại Serie A trước Brescia.[12] Nakata thi đấu ở đây trong hai mùa rưỡi, có một bàn thắng quan trong mùa giải 2001–02 trong trận thua 1–2 ở lượt đi chung kết Coppa Italia với Juventus,[13] để rồi sau đó Parma lật ngược thế cờ ở lượt về.[14]

Những năm cuối sự nghiệp

Tháng 1 năm 2004, Nakata gia nhập Bologna và thi đấu trong phần còn lại của mùa giải 2003–04 trước cập bến Fiorentina mùa giải 2004-05. Vào tháng 8 năm 2005, Nakata gia nhập đội bóng thi đấu tại Premiership là Bolton Wanderers theo dạng cho mượn. Trong mùa giải duy nhất với Bolton, cũng là mùa giải cuối cùng trong sự nghiệp của mình, anh ghi một bàn trong trận thắng 2–0 trước West Bromwich Albion.[15]